족자카르타의 공식 명칭은 욕야카르타(Yogyakarta)이며, 일상적으로는 족자(Jogja)라는 약칭으로 불린다. 그런데 이 도시의 자바어 명칭은 응아욕야카르타 하디닝랏(Ngayogyakarta Hadiningrat)이며, 인도의 고대 도시 아요디아(Ayodhya)에서 유래한 것으로 알려져 있다. 1755년 마타람 술탄국이 분열되며 새 왕국이 세워질 때, 망쿠부미 왕자는 자신이 통치하는 지역의 이름을 '응아욕야카르타 하디닝랏'으로 정했다. 풀이하자면, '응아욕야카르타'는 "평화롭고 번영하는 곳"을 뜻하며, '하디닝랏'은 "우주를 아름답게 다스린다"는 의미를 지닌다. 즉 이는 "우주적 질서 위에 세워진 이상적인 왕도"를 지향한다는 뜻을 담은 이름이었다.

덧붙이자면, 'Yog-'에서 'Jog-'으로의 표기의 변화는 네덜란드 식민지 시기에 'Djokjakarta' 또는 'Jogjakarta'라는 표기가 쓰인 데서 비롯되었다.